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分子生物学软件GSL Biotech SnapGene v5.0 免费版分子生物学软件GSL Biotech SnapGene v5.0 免费版

软件大小:37.71MB

软件官网:HomePage

用户评分:

软件类型:国产软件

运行环境:WinAll

软件语言:简体中文

软件分类:教育学习

更新时间:2020-03-26

授权方式:免费

插件情况:无 插 件

平台检测 无插件 360通过 腾讯通过 金山通过 瑞星通过

GSL Biotech SnapGene是一款极为专业的分子生物学软件,该软件能够以简单有效的方式来对DNA程序进行可视化、注释和模拟等操作,并且还能够帮助用户分析酶切位点、标签、启动子等功能并进行生成详细的DNA序列文件,适合广大生物实验室和研究人员进行设计规划和分析记录复杂基因序列。

GSL Biotech SnapGene

GSL Biotech SnapGene特色

1、确认限制性网站适合克隆

2、限制性克隆,可视化克隆过程的所有方面

3、模拟标准PCR,使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物

4、通过重叠延伸PCR融合片段,最多可组装八个碎片

5、使用诱变引物进行定点诱变,选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒

GSL Biotech SnapGene特色

GSL Biotech SnapGene功能

1、In-Fusion克隆

创建无国界的基因连接,只要选择你想要混合的DNA片段,程序就会设计它

2、Gibson Assembly

许将Gibson Assembly转化为质粒,通过PCR将DNA片段连接起来进行干扰

3、PCR及诱变

可用于常规PCR克隆、共PCR扩增或诱变,得到的DNA序列文件可以立即进行进一步的操作

4、自动文档化

自动记录模拟项目中的步骤,在模拟DNA的结构之后,您可以使用历史作为实验协议

5、琼脂糖凝胶电泳

使用先进的算法创建逼真的琼脂糖模拟,您可以使用这种模拟凝胶来计划诊断约束或将图像与预测模式进行比较

使用说明

限制性克隆的技巧

对于许多应用,常规限制性克隆仍然是最好的方法。一些简单的技巧将有助于确保您的克隆顺利进行。

1、一般技巧

首先,在程序的每一步都要小心。从长远来看,这种方法可以节省时间。

确保DNA非常干净。当制备载体或切除待插入的片段时,从约2μg的DNA开始。

每次酶促反应后,用旋转柱纯化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脱DNA,然后进行下一步反应。(在用凝胶纯化DNA片段之前不需要使用旋转柱。)

为了最大限度地提高效率,请尽量减少程序中的步骤数。例如,将钝端片段克隆到钝性载体位点(例如SmaI位点)比将其用Klenow或T4 DNA聚合酶钝化的位点更好。

如有疑问,用凝胶纯化DNA片段。更清洁的起始材料将产生更好的结果。

2、准备矢量

限制性克隆最常见的问题是在手术后恢复起始载体。该问题有两个原因:载体的不完全消化,以及切割载体与其自身的重新连接。下面描述的技巧将最大限度地减少这些影响。

确保载体的消化完成。使用过量的限制酶(约20 U,2μgDNA),消化约4小时。如果载体需要用两种具有不同最佳反应缓冲液的酶切割,则依次进行消化,并在其间进行旋转柱纯化。

消化载体(并且如果合适的话钝化),用磷酸酶处理:在37℃下1小时处于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端则在50℃处理1小时。

用旋转柱除去磷酸酶。通常不需要对载体进行凝胶纯化,因为磷酸酶处理会使产生的任何额外DNA片段失活。

3、使用载体,确保消化和磷酸酶反应完成。彻底和反复地涡旋混合物,并且不允许任何液滴逃脱酶处理。在涡旋后短暂旋转以确保管侧没有留下液滴是个好主意。

准备插入的片段

为了制备插入的片段,不完全消化不是一个严重的问题,因为片段的部分回收是可接受的。您可以使用相对较短的消化时间,对于双重消化,您可以使用对一种或两种酶来说不是最理想的反应缓冲液。

用凝胶纯化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外,该方法还可去除酶和小分子。当用透照仪观察DNA条带时,不要使用312nm或更低的短波紫外线,因为DNA会受到严重损害。请改用360-365 nm紫外灯。

如果通过PCR产生插入的片段,则在进行任何限制性消化之前用凝胶或旋转柱纯化。如果您计划将平末端PCR片段(用聚合酶如Pfu产生)克隆到磷酸酶处理的载体中,请确保您的PCR引物含有5'-磷酸。

结扎和转化

使用磷酸酶处理的载体,进行对照连接,其中省略插入的片段。该对照连接应该产生非常少的转化体,因为只有环状DNA分子有效地转化大肠杆菌,并且在不与磷酸化片段连接的情况下不能发生载体的再环化。

如果DNA仅有粘性末端,则在室温下连接约1小时。如果DNA具有任何平端,则在室温下连接约4小时并使用高浓度T4连接酶。

微量制作和诊断摘要

如果您使用插入的片段获得了比用于对照连接的结扎更多的转化体,那么您的克隆几乎肯定会起作用,并且您通常只能制作3-4个小量制备物。

在执行小量制备的诊断限制摘要时,始终包括起始向量作为参考标准。

  • 下载地址
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